La Agencia Ecuatoriana de Cooperación Internacional (Ageci) es el agente rector del Sistema Ecuatoriano de Cooperación Internacional (SECI). La Ageci, de reciente creación (noviembre de 2007), impulsa un Programa de Fortalecimiento Institucional, que entre sus componentes promueve el fortalecimiento de capacidades nacionales; la unificación de procesos para la cooperación no reembolsable; la difusión de las políticas de cooperación, la negociación de recursos internacionales; el seguimiento a las acciones de la cooperación, así como el desarrollo de un Sistema de Información, Seguimiento y Evaluación.

Además, la entidad adscrita a la Secretaría Nacional de Planificación y Desarrollo (Senplades) impulsa el Programa de Capacitación a los Funcionarios Públicos (Escuela de Gobierno) que pretende fortalecer las unidades de cooperación internacional de los Ministerios y promover la formación académica y técnica de los funcionarios públicos; el Banco de datos de la Cooperación Internacional; el Banco de Proyectos (montos, rubros e inversiones), el Sistema de Información Georeferenciada; los Indicadores de Seguimiento de Proyectos y Metas y la rendición de cuentas, y la Evaluación de Impacto que pretende sistematizar la experiencia y el apoyo de la Cooperación, evaluar el impacto de la Cooperación en el país, estudiar y medir los logros y rendir cuentas.