La Agencia Ecuatoriana de Cooperación Internacional (AGECI) fue creada mediante el Decreto Oficial N.- 699, del 30 de octubre de 2007. El Gobierno Nacional resolvió crear el Sistema Ecuatoriano de Cooperación lnternacional (SECI) con el objetivo de contribuir al logro de las prioridades de desarrollo del país, a través del fortalecimiento de la capacidad de implementación de programas y proyectos, que cuenten con financiamiento externo no reembolsable, principalmente de la cooperación técnica y la asistencia económica con el propósito de asegurar que los referidos proyectos se adecuen a las necesidades de los planes y políticas de desarrollo del Gobierno Nacional; a fin de garantizar las posibilidades de una vida digna en el marco de una democracia participativa con pleno respeto a los derechos humanos y a los compromisos internacionales y regionales del Ecuador.

El Sistema Ecuatoriano de Cooperación Internacional, estará integrado por las instituciones responsables de la rectoría, coordinación, financiamiento y ejecución de las actividades relacionadas con la Cooperación lnternacional (CI), incluyendo el Ministerio de Relaciones Exteriores, los Ministerios de Coordinación, la Secretaría Nacional de Planificación y Desarrollo, Senplades las fuentes de Cooperación lnternacional bilateral y multilateral, las Organizaciones No Gubernamentales Internacionales, las instituciones sectoriales nacionales, los gobiernos provinciales, municipales y demás actores que se relacionen con recursos de financiamiento externo no reembolsable.

El Sistema Ecuatoriano de Cooperación lnternacional estará liderado por el Consejo Directivo de Cooperación lnternacional (CODCI). La Agencia Ecuatoriana de Cooperación Internacional (AGECI) fue creada para la implementación de las estrategias generales de cooperación internacional, las políticas y reglamentos de gestión y el desarrollo y aplicación de instrumentos de gestión del Sistema Ecuatoriano de Cooperación Internacional. La Agencia fue creada como una entidad pública desconcentrada, por lo tanto con gestión técnica, administrativa y financiera propias, adscrita a la Secretaría Nacional de Planificación y Desarrollo.